| 
					
						|  |  
    					|  |  
    					| Associations between Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype and drug resistance to four first-line drugs: a survey in China |  
						| Haican Liu1, Yuanyuan Zhang1, Zhiguang Liu1, Jinghua Liu1,2, Yolande Hauck1,2, Jiao Liu1,4, Haiyan Dong1, Jie Liu1, Xiuqin Zhao1, Bing Lu1, Yi Jiang1, Gilles Vergnaud2,5, Christine Pourcel2(  ), Kanglin Wan1,2,3(  ) |  
						| 1. State Key Laboratory for Infectious Disease Prevention and Control, Collaborative Innovation Center for Diagnosis and Treatment of Infectious Diseases, National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing 102206, China 2. University Paris-Sud, Institut de Génétique et Microbiologie, UMR 8621, Orsay, France
 3. CNRS, Orsay, France
 4. Department of Epidemiology and Health Statistics, Public Health of Central South University, Changsha 421001, China
 5. DGA/MRIS-Mission pour la Recherche et l’Innovation Scientifique, Bagneux, France
 |  
						|  |  
					
						| 
								
									|  
          
          
            
              
				
								                
													
													    |  |  
														| 
													
													    | Abstract Investigations on the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis in China have shown that Beijing genotype strains play a dominant role. To study the association between the M.?tuberculosis Beijing genotype and the drug-resistance phenotype, 1286 M. tuberculosis clinical isolates together with epidemiological and clinical information of patients were collected from the center for tuberculosis (TB) prevention and control or TB hospitals in Beijing municipality and nine provinces or autonomous regions in China. Drug resistance testing was conducted on all the isolates to the four first-line anti-TB drugs (isoniazid, rifampicin, streptomycin, and ethambutol). A total of 585 strains were found to be resistant to at least one of the four anti-TB drugs. The Beijing family strains consisted of 499 (53.20%) drug-sensitive strains and 439 (46.80%) drug-resistant strains, whereas the non-Beijing family strains comprised 202 (58.05%) drug-sensitive strains and 146 (41.95%) drug-resistant strains. No significant difference was observed in prevalence (c2=2.41, P>0.05) between the drug-resistant and drug-sensitive strains among the Beijing family strains. Analysis of monoresistance, multidrug-resistant TB, and geographic distribution of drug resistance did not find any relationships between the M.?tuberculosis Beijing genotype and drug-resistance phenotype in China. Results confirmed that the Beijing genotype, the predominant M. tuberculosis genotype in China, was not associated with drug resistance. |  
															| Keywords 
																																																				tuberculosis  
																		  																																				drug resistance  
																		  																																				genotype  
																		  																																				molecular biology |  
															| Corresponding Author(s):
																Christine Pourcel,Kanglin Wan |  
															| Just Accepted Date: 30 November 2017  
																																														Online First Date: 05 January 2018   
																																														Issue Date: 06 February 2018 |  |  
								            
								                
																																												
															| 1 | van Soolingen D,  Qian L, de Haas  PE, Douglas JT,  Traore H,  Portaels F,  Qing HZ,  Enkhsaikan D,  Nymadawa P,  van Embden JD. Predominance of a single genotype of Mycobacterium tuberculosis in countries of east Asia. J Clin Microbiol 1995; 33(12): 3234–3238 pmid: 8586708
 |  
															| 2 | Mokrousov I, Ly  HM, Otten T,  Lan NN, Vyshnevskyi  B, Hoffner S,  Narvskaya O. Origin and primary dispersal of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: clues from human phylogeography. Genome Res 2005; 15(10): 1357–1364 https://doi.org/10.1101/gr.3840605
														     															     															     		pmid: 16169923
 |  
															| 3 | Qian L, Van Embden  JD, Van Der Zanden  AG, Weltevreden EF,  Duanmu H,  Douglas JT. Retrospective analysis of the Beijing family of Mycobacterium tuberculosis in preserved lung tissues. J Clin Microbiol 1999; 37(2): 471–474 pmid: 9889247
 |  
															| 4 | Li WM, Wang  SM, Li CY,  Liu YH, Shen  GM, Zhang XX,  Niu TG, Gao  Q, van Soolingen D, Kremer K,  Duanmu HJ. Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis in China: a nationwide random survey in 2000. Int J Tuberc Lung Dis 2005; 9(12): 1314–1319 pmid: 16466052
 |  
															| 5 | Wan K, Liu  J, Hauck Y,  Zhang Y,  Liu J, Zhao  X, Liu Z,  Lu B, Dong  H, Jiang Y,  Kremer K,  Vergnaud G,  van Soolingen D,  Pourcel C. Investigation on Mycobacterium tuberculosis diversity in China and the origin of the Beijing clade. PLoS One 2011; 6(12): e29190 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029190
														     															     															     		pmid: 22220207
 |  
															| 6 | WHO. Global Tuberculosis Report, 2016. 1st ed. Geneva: World Health Organization, 2016 |  
															| 7 | Cox HS, Kubica  T, Doshetov D,  Kebede Y,  Rüsch-Gerdess S,  Niemann S. The Beijing genotype and drug resistant tuberculosis in the Aral Sea region of Central Asia. Respir Res 2005; 6(1): 134 https://doi.org/10.1186/1465-9921-6-134
														     															     															     		pmid: 16277659
 |  
															| 8 | Sun YJ, Lee  AS, Wong SY,  Heersma H,  Kremer K,  van Soolingen D,  Paton NI. Genotype and phenotype relationships and transmission analysis of drug-resistant tuberculosis in Singapore. Int J Tuberc Lung Dis 2007; 11(4): 436–442 pmid: 17394691
 |  
															| 9 | Toungoussova OS, Sandven  P, Mariandyshev AO,  Nizovtseva NI,  Bjune G,  Caugant DA. Spread of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype in the Archangel Oblast, Russia. J Clin Microbiol 2002; 40(6): 1930–1937 https://doi.org/10.1128/JCM.40.6.1930-1937.2002
														     															     															     		pmid: 12037045
 |  
															| 10 | Krüüner A,  Hoffner SE,  Sillastu H,  Danilovits M,  Levina K,  Svenson SB,  Ghebremichael S,  Koivula T,  Källenius G. Spread of drug-resistant pulmonary tuberculosis in Estonia. J Clin Microbiol 2001; 39(9): 3339–3345 https://doi.org/10.1128/JCM.39.9.3339-3345.2001
														     															     															     		pmid: 11526173
 |  
															| 11 | Rieder HL, Chonde  TM, Myking H,  Urbanczik R,  Laszlo A,  Kim S, Van Deun  A. The public health service national tuberculosis reference laboratory and the national laboratory network: minimum requirements, role and operation in a low-income country. International Union Against Tuberculosis And Lung Disease (IUATLD), 1998. 68 |  
															| 12 | Driscoll JR, Bifani  PJ, Mathema B,  McGarry MA,  Zickas GM,  Kreiswirth BN,  Taber HW. Spoligologos: a bioinformatic approach to displaying and analyzing Mycobacterium tuberculosis data. Emerg Infect Dis 2002; 8(11): 1306–1309 https://doi.org/10.3201/eid0811.020174
														     															     															     		pmid: 12453361
 |  
															| 13 | Filliol I, Motiwala  AS, Cavatore M,  Qi W, Hazbón  MH, Bobadilla del Valle  M, Fyfe J,  García-García L,  Rastogi N,  Sola C, Zozio  T, Guerrero MI,  León CI,  Crabtree J,  Angiuoli S,  Eisenach KD,  Durmaz R,  Joloba ML,  Rendón A,  Sifuentes-Osornio J,  Ponce de León A, Cave MD,  Fleischmann R,  Whittam TS,  Alland D. Global phylogeny of Mycobacterium tuberculosis based on single nucleotide polymorphism (SNP) analysis: insights into tuberculosis evolution, phylogenetic accuracy of other DNA fingerprinting systems, and recommendations for a minimal standard SNP set. J Bacteriol 2006; 188(2): 759–772 https://doi.org/10.1128/JB.188.2.759-772.2006
														     															     															     		pmid: 16385065
 |  
															| 14 | Bifani PJ, Mathema  B, Kurepina NE,  Kreiswirth BN. Global dissemination of the Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family strains. Trends Microbiol 2002; 10(1): 45–52 https://doi.org/10.1016/S0966-842X(01)02277-6
														     															     															     		pmid: 11755085
 |  
															| 15 | Glynn JR, Whiteley  J, Bifani PJ,  Kremer K,  van Soolingen D. Worldwide occurrence of Beijing/W strains of Mycobacterium tuberculosis: a systematic review. Emerg Infect Dis 2002; 8(8): 843–849 https://doi.org/10.3201/eid0805.020002
														     															     															     		pmid: 12141971
 |  
															| 16 | Filliol I, Driscoll  JR, van Soolingen D, Kreiswirth BN,  Kremer K,  Valétudie G,  Dang DA,  Barlow R,  Banerjee D,  Bifani PJ,  Brudey K,  Cataldi A,  Cooksey RC,  Cousins DV,  Dale JW,  Dellagostin OA,  Drobniewski F,  Engelmann G,  Ferdinand S,  Gascoyne-Binzi D,  Gordon M,  Gutierrez MC,  Haas WH,  Heersma H,  Kassa-Kelembho E,  Ho ML, Makristathis  A, Mammina C,  Martin G,  Moström P,  Mokrousov I,  Narbonne V,  Narvskaya O,  Nastasi A,  Niobe-Eyangoh SN,  Pape JW,  Rasolofo-Razanamparany V,  Ridell M,  Rossetti ML,  Stauffer F,  Suffys PN,  Takiff H,  Texier-Maugein J,  Vincent V,  de Waard JH,  Sola C, Rastogi  N. Snapshot of moving and expanding clones of Mycobacterium tuberculosis and their global distribution assessed by spoligotyping in an international study. J Clin Microbiol 2003; 41(5): 1963–1970 https://doi.org/10.1128/JCM.41.5.1963-1970.2003
														     															     															     		pmid: 12734235
 |  
															| 17 | Ebrahimi-Rad M, Bifani  P, Martin C,  Kremer K,  Samper S,  Rauzier J,  Kreiswirth B,  Blazquez J,  Jouan M,  van Soolingen D,  Gicquel B. Mutations in putative mutator genes of Mycobacterium tuberculosis strains of the W-Beijing family. Emerg Infect Dis 2003; 9(7): 838–845 https://doi.org/10.3201/eid0907.020803
														     															     															     		pmid: 12890325
 |  
															| 18 | Bifani PJ, Mathema  B, Liu Z,  Moghazeh SL,  Shopsin B,  Tempalski B,  Driscol J,  Frothingham R,  Musser JM,  Alcabes P,  Kreiswirth BN. Identification of a W variant outbreak of Mycobacterium tuberculosis via population-based molecular epidemiology. JAMA 1999; 282(24): 2321–2327 https://doi.org/10.1001/jama.282.24.2321
														     															     															     		pmid: 10612319
 |  
															| 19 | Bifani P, Mathema  B, Campo M,  Moghazeh S,  Nivin B,  Shashkina E,  Driscoll J,  Munsiff SS,  Frothingham R,  Kreiswirth BN. Molecular identification of streptomycin monoresistant Mycobacterium tuberculosis related to multidrug-resistant W strain. Emerg Infect Dis 2001; 7(5): 842–848 https://doi.org/10.3201/eid0705.010512
														     															     															     		pmid: 11747697
 |  
															| 20 | Anh DD, Borgdorff  MW, Van LN,  Lan NT, van Gorkom  T, Kremer K,  van Soolingen D. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype emerging in Vietnam. Emerg Infect Dis 2000; 6(3): 302–305 https://doi.org/10.3201/eid0603.000312
														     															     															     		pmid: 10827122
 |  
															| 21 | van Crevel R, Parwati  I, Sahiratmadja E,  Marzuki S,  Ottenhoff TH,  Netea MG,  van der Ven A,  Nelwan RH,  van der Meer JW,  Alisjahbana B,  van de Vosse E. Infection with Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype strains is associated with polymorphisms in SLC11A1/NRAMP1 in Indonesian patients with tuberculosis. J Infect Dis 2009; 200(11): 1671–1674 https://doi.org/10.1086/648477
														     															     															     		pmid: 19863441
 |  
															| 22 | Laserson KF, Osorio  L, Sheppard JD,  Hernández H,  Benitez AM,  Brim S, Woodley  CL, Hazbón MH,  Villegas MV,  Castaño MC,  Henriquez N,  Rodriguez E,  Metchock B,  Binkin NJ. Clinical and programmatic mismanagement rather than community outbreak as the cause of chronic, drug-resistant tuberculosis in Buenaventura, Colombia, 1998. Int J Tuberc Lung Dis 2000; 4(7): 673–683 pmid: 10907771
 |  
															| 23 | Chan MY, Borgdorff  M, Yip CW,  de Haas PE,  Wong WS,  Kam KM, Van Soolingen  D. Seventy percent of the Mycobacterium tuberculosis isolates in Hong Kong represent the Beijing genotype. Epidemiol Infect 2001; 127(1): 169–171 https://doi.org/10.1017/S0950268801005659
														     															     															     		pmid: 11561969
 |  
								            
												
											    	
											        	|  | Viewed |  
											        	|  |  |  
												        |  | Full text 
 | 
 
 |  
												        |  |  |  
												        |  | Abstract 
 | 
 |  
												        |  |  |  
												        |  | Cited |  |  
												        |  |  |  |  
													    |  | Shared |  |  
													    |  |  |  |  
													    |  | Discussed |  |  |  |  |