Please wait a minute...
Frontiers of Medicine

ISSN 2095-0217

ISSN 2095-0225(Online)

CN 11-5983/R

Postal Subscription Code 80-967

2018 Impact Factor: 1.847

Front. Med.    2018, Vol. 12 Issue (1) : 58-75
Epidemiology of fungal infections in China
Min Chen1,2, Yuan Xu1,2, Nan Hong1,2, Yali Yang1, Wenzhi Lei1, Lin Du1, Jingjun Zhao3, Xia Lei4, Lin Xiong5, Langqi Cai6, Hui Xu7, Weihua Pan1(), Wanqing Liao2()
1. Department of Dermatology, Changzheng Hospital, Second Military Medical University, Shanghai 200003, China
2. Shanghai Key Laboratory of Molecular Medical Mycology, Changzheng Hospital, Second Military Medical University, Shanghai 200003, China
3. Department of Dermatology, Tongji Hospital, Tongji University, Shanghai 200442, China
4. Department of Dermatology, Daping Hospital, Third Military Medical University, Chongqing 400042, China
5. Department of Dermatology, the People’s Hospital of Yan’an, Yan’an 716000, China
6. Department of Dermatology, the First Affiliated Hospital of Xiamen University, Xiamen 361003, China
7. Department of Dermatology, Shanghai Ninth People’s Hospital, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, Shanghai 200011, China
 Download: PDF(423 KB)   HTML
 Export: BibTeX | EndNote | Reference Manager | ProCite | RefWorks

With the increasing number of immunocompromised hosts, the epidemiological characteristics of fungal infections have undergone enormous changes worldwide, including in China. In this paper, we reviewed the existing data on mycosis across China to summarize available epidemiological profiles. We found that the general incidence of superficial fungal infections in China has been stable, but the incidence of tinea capitis has decreased and the transmission route has changed. By contrast, the overall incidence of invasive fungal infections has continued to rise. The occurrence of candidemia caused by Candida species other than C. albicans and including some uncommon Candida species has increased recently in China. Infections caused by Aspergillus have also propagated in recent years, particularly with the emergence of azole-resistant Aspergillus fumigatus. An increasing trend of cryptococcosis has been noted in China, with Cryptococcus neoformans var. grubii ST 5 genotype isolates as the predominant pathogen. Retrospective studies have suggested that the epidemiological characteristics of Pneumocystis pneumonia in China may be similar to those in other developing countries. Endemic fungal infections, such as sporotrichosis in Northeastern China, must arouse research, diagnostic, and treatment vigilance. Currently, the epidemiological data on mycosis in China are variable and fragmentary. Thus, a nationwide epidemiological research on fungal infections in China is an important need for improving the country’s health.

Keywords fungi      infection      epidemiology      China     
Corresponding Author(s): Weihua Pan,Wanqing Liao   
Just Accepted Date: 02 November 2017   Online First Date: 11 January 2018    Issue Date: 06 February 2018
 Cite this article:   
Min Chen,Yuan Xu,Nan Hong, et al. Epidemiology of fungal infections in China[J]. Front. Med., 2018, 12(1): 58-75.
Fig.1  Dynamic change of fungal etiology of tinea capitis in China.
Fig.2  Clinical type and fungal etiology of onychomycosis in China.
Fig.3  Risk factors and dynamic change of species composition in invasive candidiasis in China.
Case Date Species Infective sites Prognosis Reference
1 2004 Arthrographis kalrae Eye and sinuses Blindness [207]
2 2007 Prototheca wickerhamii Brain Cured [208]
3 2010 Coniosporium epidermidis Toes Cured [210]
4 2011 Exophiala asiatica Brain Died [209]
5 2012 Filobasidium uniguttulatum Brain Cured [211]
6 2013 Pichia fabianii Blood Cured [212]
7 2013 Trichophyton tonsurans Face Cured [213]
8 2013 Penicillium capsulatum Lung Cured [214]
9 2013 Rhinocladiella basitona Face Cured [215]
10 2014 Rhodotorula minuta Nail Cured [45]
11 2014 Phialemonium curvatum Brain Cured [216]
12 2015 Veronaea botryosa Cutaneous Cured [217]
13 2016 Bipolaris oryzae Corneal Cured [218]
14 2017 Chrysosporium keratinophilum Subcutaneous Cured [219]
Tab.1  Recent reports of fungal infections caused by rare fungal species in China
1 Wang DY, Kumar  S, Hedges SB. Divergence time estimates for the early history of animal phyla and the origin of plants, animals and fungi. Proc Biol Sci 1999; 266(1415): 163–171 pmid: 10097391
2 Fisher MC, Henk  DA, Briggs CJ, Brownstein JS, Madoff  LC, McCraw SL,  Gurr SJ. Emerging fungal threats to animal, plant and ecosystem health. Nature 2012; 484(7393): 186–194 pmid: 22498624
3 Garcia-Solache MA, Casadevall  A. Global warming will bring new fungal diseases for mammals. MBio 2010; 1(1): e00061-10 pmid: 20689745
4 Taylor LH, Latham  SM, Woolhouse ME. Risk factors for human disease emergence. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 2001; 356(1411): 983–989 pmid: 11516376
5 Kaushik N, Pujalte  GG, Reese ST. Superficial fungal infections. Prim Care 2015; 42(4): 501–516 pmid: 26612371
6 Ameen M. Epidemiology of superficial fungal infections. Clin Dermatol 2010; 28(2): 197–201 pmid: 20347663
7 Zhan P, Li  D, Wang C,  Sun J, Geng  C, Xiong Z,  Seyedmousavi S,  Liu W, de Hoog  GS. Epidemiological changes in tinea capitis over the sixty years of economic growth in China. Med Mycol 2015; 53(7): 691–698 pmid: 26260745
8 Miceli MH, Díaz  JA, Lee SA. Emerging opportunistic yeast infections. Lancet Infect Dis 2011; 11(2): 142–151 pmid: 21272794
9 Adams P. Cryptococcal meningitis: a blind spot in curbing AIDS. Lancet 2016; 387(10028): 1605–1606 pmid: 27116058
10 Bahr NC, Sarosi  GA, Meya DB,  Bohjanen PR,  Richer SM,  Swartzentruber S,  Halupnick R,  Jarrett D,  Wheat LJ,  Boulware DR. Seroprevalence of histoplasmosis in Kampala, Uganda. Med Mycol 2016; 54(3): 295–300 pmid: 26527637
11 Parkes-Ratanshi R, Achan  B, Kwizera R,  Kambugu A,  Meya D, Denning  DW. Cryptococcal disease and the burden of other fungal diseases in Uganda; Where are the knowledge gaps and how can we fill them? Mycoses 2015; 58(Suppl 5): 85–93 pmid: 26449512
12 Wu SX, Guo  NR, Li XF,  Liao WQ,  Chen M, Zhang  QQ, Li CY,  Li RY, Bulmer  GS, Li DM,  Xi LY, Lu  S, Liu B,  Zheng YC,  Ran YP, Kuan  YZ. Human pathogenic fungi in China—emerging trends from ongoing national survey for 1986, 1996, and 2006. Mycopathologia 2011; 171(6): 387–393 pmid: 21509517
13 Liao Y, Chen  M, Hartmann T,  Yang RY,  Liao WQ. Epidemiology of opportunistic invasive fungal infections in China: review of literature. Chin Med J (Engl) 2013; 126(2): 361–368
pmid: 23324290
14 Havlickova B, Czaika  VA, Friedrich M. Epidemiological trends in skin mycoses worldwide. Mycoses 2008; 51(Suppl 4): 2–15 pmid: 18783559
15 Zhan P, Liu  W. The changing face of dermatophytic infections worldwide. Mycopathologia 2017; 182(1-2): 77–86 pmid: 27783316
16 Li GZ, Liu  YH, Chen XW. Etiologic analysis of 4000 cases of superficial mycosis in Tianjin region. China J Lepr Skin Dis (Zhongguo Ma Feng Pi Fu Bing Za Zhi) 2010; 26(8): 602 (in Chinese) 
17 Cai W, Lu  C, Li X,  Zhang J,  Zhan P, Xi  L, Sun J,  Yu X. Epidemiology of superficial fungal infections in Guangdong, Southern China: a retrospective study from 2004 to 2014. Mycopathologia 2016; 181(5-6): 387–395 pmid: 26883512
18 Zhu JH, Han  DM, Zhao Y,  Li L, Zhang  QQ. Etiologic analysis of 9566 cases of superficial mycosis in Shanghai region. Chin J Mycol (Zhongguo Zhen Jun Xue Za Zhi) 2016; 11(3): 178–180 (in Chinese)
19 LI LN. Zhang SM, Liu HW, Gao L, Lei DC, Li ZL, Yu HQ, Li JG. Analysis of superficial mycoses and pathogenic fungi in 668 cases. Chin J Derm Venereol (Zhongguo Pi Fu Xing Bing Xue Za Zhi) 2016; 30(3): 259–260 (in Chinese)
20 Ma XN, Zhang  H, Han XH,  Wang HD,  Shi LQ, Ren  Y. Clinical analysis of 1422 cases of superficial mycoses in Yan’an Area. Chin J Derm Venereol (Zhongguo Pi Fu Xing Bing Xue Za Zhi) 2016; 30(9): 908–910 (in Chinese)
21 Xu W, Li  Y. Clinical analysis of 818 cases of superficial mycosis. Guide China Med (Zhongguo Yi Yao Zhi Nan) 2010; 8(13): 131–132 (in Chinese) 
22 Xiong Y, Zhou  CJ, Li QJ,  Huang XY,  Huang YH,  Zhong BY,  Tang SQ,  Dai W, Hao  F. Etiologic analysis of 2135 cases of superficial mycosis in Chongqing region. J Clin Dermatol (Lin Chuang Pi Fu Ke Za Zhi) 2008; 37(11): 711–713 (in Chinese)
23 Silva-Rocha WP, de Azevedo  MF, Chaves GM. Epidemiology and fungal species distribution of superficial mycoses in Northeast Brazil. J Mycol Med 2017; 27(1): 57–64 pmid: 27663203
24 Foster KW, Ghannoum  MA, Elewski BE. Epidemiologic surveillance of cutaneous fungal infection in the United States from 1999 to 2002. J Am Acad Dermatol 2004; 50(5): 748–752 pmid: 15097959
25 Drakensjö IT, Chryssanthou  E. Epidemiology of dermatophyte infections in Stockholm, Sweden: a retrospective study from 2005-2009. Med Mycol 2011; 49(5): 484–488
pmid: 21128711
26 Simonnet C, Berger  F, Gantier JC. Epidemiology of superficial fungal diseases in French Guiana: a three-year retrospective analysis. Med Mycol 2011; 49(6): 608–611
pmid: 21314249
27 Tan HH. Superficial fungal infections seen at the National Skin Centre, Singapore. Nihon Ishinkin Gakkai Zasshi 2005; 46(2): 77–80 pmid: 15864251
28 Fuller LC, Barton  RC, Mohd Mustapa MF, Proudfoot LE,  Punjabi SP,  Higgins EM. British Association of Dermatologists’ guidelines for the management of tinea capitis 2014. Br J Dermatol 2014; 171(3): 454–463 pmid: 25234064
29 Zhan P, Geng  C, Li Z,  Jin Y, Jiang  Q, Tao L,  Luo Y, Xiong  Z, Wu S,  Li D, Liu  W, de Hoog GS. Evolution of tinea capitis in the Nanchang area, Southern China: a 50-year survey (1965–2014). Mycoses 2015; 58(5): 261–266 pmid: 25756741
30 Liu ZS, Fu  XQ, Xie SW, Wang Y,  Sun JB. Analysis of situation of tinea capitis in Hubei from 1995 to 2000. China J Lepr Skin Dis (Zhongguo Ma Feng Pi Fu Bing Za Zhi) 2003; 14(4): 54–55 (in Chinese)
31 Yu J, Li  R, Bulmer G. Current topics of tinea capitis in China. Nihon Ishinkin Gakkai Zasshi 2005; 46(2): 61–66 pmid: 15864248
32 Zhu M, Li  L, Wang J,  Zhang C,  Kang K, Zhang  Q. Tinea capitis in Southeastern China: a 16-year survey. Mycopathologia 2010; 169(4): 235–239 pmid: 19936963
33 Korstanje MJ, Staats  CG. Tinea capitis in Northwestern Europe 1963–1993: etiologic agents and their changing prevalence. Int J Dermatol 1994; 33(8): 548–549 pmid: 7960348
34 Sigurgeirsson B, Baran  R. The prevalence of onychomycosis in the global population: a literature study. J Eur Acad Dermatol Venereol 2014; 28(11): 1480–1491 pmid: 24283696
35 Wang AP, Yu  J, Wan Z,  Li FQ, Zeng  JS, Liu WD,  Zhang QQ,  Hao F, Ran  YP, Xi LY,  Lai W, Li  RY. Multi-center epidemiological survey of pathogenic fungi of onychomycosis in China. Chin J Mycol (Zhongguo Zhen Jun Xue Za Zhi) 2015; 10(4): 197–202 (in Chinese)
36 Gupta AK, Versteeg  SG, Shear NH. Onychomycosis in the 21st century: an update on diagnosis, epidemiology, and treatment. J Cutan Med Surg 2017 Jun 1 [Epub ahead of print] 10.1177/1203475417716362 pmid: 28639462
37 Papini M, Piraccini  BM, Difonzo E,  Brunoro A. Epidemiology of onychomycosis in Italy: prevalence data and risk factor identification. Mycoses 2015; 58(11): 659–664 pmid: 26412300
38 Ribeiro CS, Zaitz  C, Framil VM,  Ottoboni TS,  Tonoli MS,  Ribeiro RP. Descriptive study of onychomycosis in a hospital in São Paulo. Braz J Microbiol 2015; 46(2): 485–492 pmid: 26273263
39 Gupta C, Jongman  M, Das S,  Snehaa K,  Bhattacharya SN,  Seyedmousavi S,  van Diepeningen AD. Genotyping and in vitro antifungal susceptibility testing of fusarium isolates from onychomycosis in India. Mycopathologia 2016; 181(7-8): 497–504 pmid: 27138574
40 Segal R, Shemer  A, Hochberg M,  Keness Y,  Shvarzman R,  Mandelblat M,  Frenkel M,  Segal E. Onychomycosis in Israel: epidemiological aspects. Mycoses 2015; 58(3): 133–139 pmid: 25590832
41 Maraki S, Mavromanolaki  VE. Epidemiology of onychomycosis in Crete, Greece: a 12-year study. Mycoses 2016; 59(12): 798–802 pmid: 27432461
42 Hashemi SJ, Gerami  M, Zibafar E,  Daei M, Moazeni  M, Nasrollahi A. Onychomycosis in Tehran: mycological study of 504 patients. Mycoses 2010; 53(3): 251–255 pmid: 19389065
43 Souza LK, Fernandes  OF, Passos XS,  Costa CR,  Lemos JA,  Silva MR. Epidemiological and mycological data of onychomycosis in Goiania, Brazil. Mycoses 2010; 53(1): 68–71 pmid: 19207842
44 Yin SC, Zhang  YQ, Tan YF,  Yang JY,  Huang HQ,  Li H, Lai  W. Analysis of pathogenic fungi of 805 cases with onychomycosis. Chin J Mycol (Zhongguo Zhen Jun Xue Za Zhi) 2013; 8(4): 214–216 (in Chinese)
45 Zhou J, Chen  M, Chen H,  Pan W, Liao  W. Rhodotorula minuta as onychomycosis agent in a Chinese patient: first report and literature review. Mycoses 2014; 57(3): 191–195 pmid: 24118107
46 Meersseman W, Van Wijngaerden  E. Invasive aspergillosis in the ICU: an emerging disease. Intensive Care Med 2007; 33(10): 1679–1681 pmid: 17646965
47 Pappas PG, Alexander  BD, Andes DR,  Hadley S,  Kauffman CA,  Freifeld A,  Anaissie EJ,  Brumble LM,  Herwaldt L,  Ito J, Kontoyiannis  DP, Lyon GM,  Marr KA,  Morrison VA,  Park BJ,  Patterson TF,  Perl TM,  Oster RA,  Schuster MG,  Walker R,  Walsh TJ,  Wannemuehler KA,  Chiller TM. Invasive fungal infections among organ transplant recipients: results of the Transplant-Associated Infection Surveillance Network (TRANSNET). Clin Infect Dis 2010; 50(8): 1101–1111 pmid: 20218876
48 Gavaldà J, Meije  Y, Fortún J,  Roilides E,  Saliba F,  Lortholary O,  Muñoz P,  Grossi P,  Cuenca-Estrella M; ESCMID Study Group for Infections in Compromised Hosts. Invasive fungal infections in solid organ transplant recipients. Clin Microbiol Infect 2014; 20(Suppl 7): 27–48 pmid: 24810152
49 Brown GD, Denning  DW, Gow NA,  Levitz SM,  Netea MG,  White TC. Hidden killers: human fungal infections. Sci Transl Med 2012; 4(165): 165rv13 pmid: 23253612
50 Montagna MT, Caggiano  G, Lovero G,  De Giglio O,  Coretti C,  Cuna T, Iatta  R, Giglio M,  Dalfino L,  Bruno F,  Puntillo F. Epidemiology of invasive fungal infections in the intensive care unit: results of a multicenter Italian survey (AURORA Project). Infection 2013; 41(3): 645–653 pmid: 23463186
51 Feng WL, Yang  J, Xi ZQ,  Wang YQ,  Zhang RM,  Ji Y, Wu  Y, Jia XQ. Epidemiologic study on patients with invasive fungal infections. Chin J Epidemiol (Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi) 2009; 30(10): 1043–1046 (in Chinese)
pmid: 20193386
52 Liu ZY, Sheng  RY, Li XL,  Li TS, Wang  AX. Nosocomial fungal infections, analysis of 149 cases. Natl Med J China (Zhonghua Yi Xue Za Zhi) 2003; 83(5): 399–402 (in Chinese)
pmid: 12820917
53 Gao LY, Yu  J, Li RY. Epidemiology of aspergillosis in mainland China. Chin J Mycol  (Zhongguo Zhen Jun Xue Za Zhi) 2010; 5(4): 247–251 (in Chinese)
54 Liu YN, She  DY, Sun TY,  Tong ZH,  He B, Xiao  Y, He LX,  Qu JM, Liu  XQ, Li ER,  Chen P, Ma  ZS, Shi Y,  Feng YL,  Jiang SJ,  Xiong SD,  Hu CP. A multicentre retrospective study of pulmonary mycosis clinically proven from 1998 to 2007. Chin J Tubere Respir Dis (Zhonghua Jie He He Hu Xi Za Zhi) 2011; 34(2): 86–90 (in Chinese)
pmid: 21426723
55 Seneviratne CJ, Rajan  S, Wong SS,  Tsang DN,  Lai CK, Samaranayake  LP, Jin L. Antifungal susceptibility in serum and virulence determinants of Candida bloodstream isolates from Hong Kong. Front Microbiol 2016; 7: 216 pmid: 26955369
56 Guo F, Yang  Y, Kang Y,  Zang B, Cui  W, Qin B,  Qin Y, Fang  Q, Qin T,  Jiang D,  Li W, Gu  Q, Zhao H,  Liu D, Guan  X, Li J,  Ma X, Yu  K, Chan D,  Yan J, Tang  Y, Liu W,  Li R, Qiu  H; China-SCAN Team. Invasive candidiasis in intensive care units in China: a multicentre prospective observational study. J Antimicrob Chemother 2013; 68(7): 1660–1668 pmid: 23543609
57 Méan M, Marchetti  O, Calandra T. Bench-to-bedside review: Candida infections in the intensive care unit. Crit Care 2008; 12(1): 204 pmid: 18279532
58 Kett DH, Azoulay  E, Echeverria PM,  Vincent JL; Extended Prevalence of Infection in ICU Study (EPIC II) Group of Investigators. Candida bloodstream infections in intensive care units: analysis of the extended prevalence of infection in intensive care unit study. Crit Care Med 2011; 39(4): 665–670 pmid: 21169817
59 Falagas ME, Roussos  N, Vardakas KZ. Relative frequency of albicans and the various non-albicans Candida spp. among candidemia isolates from inpatients in various parts of the world: a systematic review. Int J Infect Dis 2010; 14(11): e954–e966 pmid: 20797887
60 Horn DL, Neofytos  D, Anaissie EJ,  Fishman JA,  Steinbach WJ,  Olyaei AJ,  Marr KA,  Pfaller MA,  Chang CH,  Webster KM. Epidemiology and outcomes of candidemia in 2019 patients: data from the prospective antifungal therapy alliance registry. Clin Infect Dis 2009; 48(12): 1695–1703 pmid: 19441981
61 Gong X, Luan  T, Wu X,  Li G, Qiu  H, Kang Y,  Qin B, Fang  Q, Cui W,  Qin Y, Li  J, Zang B. Invasive candidiasis in intensive care units in China: Risk factors and prognoses of Candida albicans and non-albicans Candida infections. Am J Infect Control 2016; 44(5): e59–e63 pmid: 26781222
62 Ma CF, Li  FQ, Shi LN,  Hu YA, Wang  Y, Huang M,  Kong QQ. Surveillance study of species distribution, antifungal susceptibility and mortality of nosocomial candidemia in a tertiary care hospital in China. BMC Infect Dis 2013; 13(1): 337 pmid: 23875950
63 Li S, An  YZ. Retrospective analysis of invasive fungal infection in surgical intensive care unit. Natl Med J China (Zhonghua Yi Xue Za Zhi)  2010; 90(6): 382–385 (in Chinese)
pmid: 20367934
64 Cao B, Wang  H, Wu L,  Sun WJ, Li  F, Liu YM. Epidemiological study of invasive nosocomial candidiasis in 2 teaching hospitals in Beijing. Natl Med J China (Zhonghua Yi Xue Za Zhi) 2008; 88(28): 1970–1973 (in Chinese)
pmid: 19062737
65 Poikonen E, Lyytikäinen  O, Anttila VJ,  Koivula I,  Lumio J,  Kotilainen P,  Syrjälä H,  Ruutu P. Secular trend in candidemia and the use of fluconazole in Finland, 2004–2007. BMC Infect Dis 2010; 10(1): 312 pmid: 21029444
66 Almirante B, Rodríguez  D, Park BJ,  Cuenca-Estrella M,  Planes AM,  Almela M,  Mensa J,  Sanchez F,  Ayats J,  Gimenez M,  Saballs P,  Fridkin SK,  Morgan J,  Rodriguez-Tudela JL,  Warnock DW,  Pahissa A; Barcelona Candidemia Project Study Group. Epidemiology and predictors of mortality in cases of Candida bloodstream infection: results from population-based surveillance, Barcelona, Spain, from 2002 to 2003. J Clin Microbiol 2005; 43(4): 1829–1835 pmid: 15815004
67 Paphitou NI, Ostrosky-Zeichner  L, Rex JH. Rules for identifying patients at increased risk for candidal infections in the surgical intensive care unit: approach to developing practical criteria for systematic use in antifungal prophylaxis trials. Med Mycol 2005; 43(3): 235–243 pmid: 16010850
68 Marchetti O, Bille  J, Fluckiger U,  Eggimann P,  Ruef C, Garbino  J, Calandra T,  Glauser MP,  Täuber MG,  Pittet D; Fungal Infection Network of Switzerland. Epidemiology of candidemia in Swiss tertiary care hospitals: secular trends, 1991–2000. Clin Infect Dis 2004; 38(3): 311–320 pmid: 14727199
69 Wisplinghoff H, Bischoff  T, Tallent SM,  Seifert H,  Wenzel RP,  Edmond MB. Nosocomial bloodstream infections in US hospitals: analysis of 24,179 cases from a prospective nationwide surveillance study. Clin Infect Dis 2004; 39(3): 309–317 pmid: 15306996
70 González GM,  Treviño-Rangel RdeJ,  Palma-Nicolás JP,  Martínez C,  González JG,  Ayala J,  Caballero A,  Morfín-Otero R,  Rodríguez-Noriega E,  Velarde F,  Ascencio EP,  Tinoco JC,  Vázquez JA,  Cano MA,  León-Sicairos N,  González R,  Rincón J,  Elías MA,  Bonifaz A. Species distribution and antifungal susceptibility of bloodstream fungal isolates in paediatric patients in Mexico: a nationwide surveillance study. J Antimicrob Chemother 2013; 68(12): 2847–2851 pmid: 23869052
71 Pfaller MA, Diekema  DJ, Gibbs DL,  Newell VA,  Ellis D,  Tullio V,  Rodloff A,  Fu W, Ling  TA; Global Antifungal Surveillance Group. Results from the ARTEMIS DISK Global Antifungal Surveillance Study, 1997 to 2007: a 10.5-year analysis of susceptibilities of Candida species to fluconazole and voriconazole as determined by CLSI standardized disk diffusion. J Clin Microbiol 2010; 48(4): 1366–1377 pmid: 20164282
72 Pu S, Niu  S, Zhang C,  Xu X, Qin  M, Huang S,  Zhang L. Epidemiology, antifungal susceptibilities, and risk factors for invasive candidiasis from 2011 to 2013 in a teaching hospital in southwest  China. J  Microbiol  Immunol  Infect  2017;  50(1):  97–103 pmid: 25769664
73 Li F, Wu  L, Cao B,  Zhang Y,  Li X, Liu  Y. Surveillance of the prevalence, antibiotic susceptibility, and genotypic characterization of invasive candidiasis in a teaching hospital in China between 2006 to 2011. BMC Infect Dis 2013; 13(1): 353 pmid: 23899244
74 Zhang Z, Zhao  SL, Pang LJ,  Wang H, Liu  WY, Yan W. The analysis and survey of 475 strains of fungi from clinical samples. Chin J Lab Med (Zhonghua Jian Yan Yi Xue Za Zhi) 1996; 19(5): 267–269 (in Chinese)
75 Yu J, Li  RY, Wang D,  Zhao M, Jiang  H, Chen W,  Wang AP,  Wang DL. Analysis on species distribution and risk factors of nosocomial invasive Candida infection. China J Lepr Skin Dis (Zhongguo Ma Feng Pi Fu Bing Za Zhi) 2000; 16(4): 211–215 (in Chinese)
76 Wang H, Xu  YC, Hsueh PR. Epidemiology of candidemia and antifungal susceptibility in invasive Candida species in the Asia-Pacific region. Future Microbiol 2016; 11(11): 1461–1477 pmid: 27750452
77 Nucci M, Queiroz-Telles  F, Tobón AM,  Restrepo A,  Colombo AL. Epidemiology of opportunistic fungal infections in Latin America. Clin Infect Dis 2010; 51(5): 561–570 pmid: 20658942
78 Wang H, Xiao  M, Chen SC,  Kong F, Sun  ZY, Liao K,  Lu J, Shao  HF, Yan Y,  Fan H, Hu  ZD, Chu YZ,  Hu TS, Ni  YX, Zou GL,  Xu YC. In vitro susceptibilities of yeast species to fluconazole and voriconazole as determined by the 2010 National China Hospital Invasive Fungal Surveillance Net (CHIF-NET) study. J Clin Microbiol 2012; 50(12): 3952–3959 pmid: 23035204
79 Puig-Asensio M, Pemán  J, Zaragoza R,  Garnacho-Montero J,  Martín-Mazuelos E,  Cuenca-Estrella M,  Almirante B; Prospective Population Study on Candidemia in Spain (CANDIPOP) Project; Hospital Infection Study Group (GEIH); Medical Mycology Study Group (GEMICOMED) of the Spanish Society of Infectious Diseases and Clinical Microbiology (SEIMC); Spanish Network for Research in Infectious Diseases. Impact of therapeutic strategies on the prognosis of candidemia in the ICU. Crit Care Med 2014; 42(6): 1423–1432 pmid: 24557426
80 Wu JQ, Zhu  LP, Ou XT,  Xu B, Hu  XP, Wang X,  Weng XH. Epidemiology and risk factors for non-Candida albicans candidemia in non-neutropenic patients at a Chinese teaching hospital. Med Mycol 2011; 49(5): 552–555
pmid: 21142647
81 Liu W, Tan  J, Sun J,  Xu Z, Li  M, Yang Q,  Shao H, Zhang  L, Liu W,  Wan Z, Cui  W, Zang B,  Jiang D,  Fang Q, Qin  B, Qin T,  Li W, Guo  F, Liu D,  Guan X, Yu  K, Qiu H,  Li R; China-SCAN team. Invasive candidiasis in intensive care units in China: in vitro antifungal susceptibility in the China-SCAN study. J Antimicrob Chemother 2014; 69(1): 162–167 pmid: 24004860
82 Chen TC, Chen  YH, Tsai JJ,  Peng CF,  Lu PL, Chang  K, Hsieh HC,  Chen TP. Epidemiologic analysis and antifungal susceptibility of Candida blood isolates in southern Taiwan. J Microbiol Immunol Infect 2005; 38(3): 200–210
pmid: 15986071
83 Chen PL, Lo  HJ, Wu CJ,  Lee HC, Chang  CM, Lee NY,  Wang AH,  Lin WL, Ko  NY, Lee CC,  Ko WC. Species distribution and antifungal susceptibility of blood Candida isolates at a tertiary hospital in southern Taiwan, 1999–2006. Mycoses 2011; 54(4): e17–e23 pmid: 20028463
84 Li Y, Du  M, Chen LA,  Liu Y, Liang  Z. Nosocomial bloodstream infection due to Candida spp. in China: species distribution, clinical features, and outcomes. Mycopathologia 2016; 181(7-8): 485–495 pmid: 26994763
85 Yang ZT, Wu  L, Liu XY,  Zhou M, Li  J, Wu JY,  Cai Y, Mao  EQ, Chen EZ,  Lortholary O. Epidemiology, species distribution and outcome of nosocomial Candida spp. bloodstream infection in Shanghai. BMC Infect Dis 2014; 14(1): 241 pmid: 24886130
86 Wang H, Liu  N, Yin M,  Han H, Yue  J, Zhang F,  Shan T, Guo  H, Wu D. The epidemiology, antifungal use and risk factors of death in elderly patients with candidemia: a multicentre retrospective study. BMC Infect Dis 2014; 14(1): 609 pmid: 25420435
87 Zhang XB, Yu  SJ, Yu JX,  Gong YL,  Feng W, Sun  FJ. Retrospective analysis of epidemiology and prognostic factors for candidemia at a hospital in China, 2000–2009. Jpn J Infect Dis 2012; 65(6): 510–515 pmid: 23183203
88 Yap HY, Kwok  KM, Gomersall CD,  Fung SC,  Lam TC, Leung  PN, Hui M,  Joynt GM. Epidemiology and outcome of Candida bloodstream infection in an intensive care unit in Hong Kong. Hong Kong Med J 2009; 15(4): 255–261
pmid: 19652231
89 Chen PY, Chuang  YC, Wang JT,  Sheng WH,  Yu CJ, Chu  CC, Hsueh PR,  Chang SC,  Chen YC. Comparison of epidemiology and treatment outcome of patients with candidemia at a teaching hospital in Northern Taiwan, in 2002 and 2010. J Microbiol Immunol Infect 2014; 47(2): 95–103 pmid: 23063082
90 Chen SC, Marriott  D, Playford EG,  Nguyen Q,  Ellis D,  Meyer W,  Sorrell TC,  Slavin M; Australian Candidaemia Study. Candidaemia with uncommon Candida species: predisposing factors, outcome, antifungal susceptibility, and implications for management. Clin Microbiol Infect 2009; 15(7): 662–669 pmid: 19614718
91 Pfaller MA, Diekema  DJ, Colombo AL,  Kibbler C,  Ng KP, Gibbs  DL, Newell VA. Candida rugosa, an emerging fungal pathogen with resistance to azoles: geographic and temporal trends from the ARTEMIS DISK antifungal surveillance program. J Clin Microbiol 2006; 44(10): 3578–3582 pmid: 17021085
92 Xiao M, Wang  H, Lu J,  Chen SC,  Kong F, Ma  XJ, Xu YC. Three clustered cases of candidemia caused by Candida quercitrusa and mycological characteristics of this novel species. J Clin Microbiol 2014; 52(8): 3044–3048 pmid: 24696025
93 Chowdhary A, Sharma  C, Meis JF. Candida auris: a rapidly emerging cause of hospital-acquired multidrug-resistant fungal infections globally. PLoS Pathog 2017; 13(5): e1006290 pmid: 28542486
94 Wu Z, Liu  Y, Feng X,  Liu Y, Wang  S, Zhu X,  Chen Q, Pan  S. Candidemia: incidence rates, type of species, and risk factors at a tertiary care academic hospital in China. Int J Infect Dis 2014; 22: 4–8 pmid: 24583564
95 Huang YT, Liu  CY, Liao CH,  Chung KP,  Sheng WH,  Hsueh PR. Antifungal susceptibilities of Candida isolates causing bloodstream infections at a medical center in Taiwan, 2009–2010. Antimicrob Agents Chemother 2014; 58(7): 3814–3819 pmid: 24752274
96 Chowdhary A, Sharma  C, Duggal S,  Agarwal K,  Prakash A,  Singh PK,  Jain S, Kathuria  S, Randhawa HS,  Hagen F,  Meis JF. New clonal strain of Candida auris, Delhi, India. Emerg Infect Dis 2013; 19(10): 1670–1673 pmid: 24048006
97 Magobo RE, Corcoran  C, Seetharam S,  Govender NP. Candida auris-associated candidemia, South Africa. Emerg Infect Dis 2014; 20(7): 1250–1251 pmid: 24963796
98 Vallabhaneni S, Kallen  A, Tsay S,  Chow N, Welsh  R, Kerins J,  Kemble SK,  Pacilli M,  Black SR,  Landon E,  Ridgway J,  Palmore TN,  Zelzany A,  Adams EH,  Quinn M,  Chaturvedi S,  Greenko J,  Fernandez R,  Southwick K,  Furuya EY,  Calfee DP,  Hamula C,  Patel G,  Barrett P; MSD, Lafaro P,  Berkow EL,  Moulton-Meissner H,  Noble-Wang J,  Fagan RP,  Jackson BR,  Lockhart SR,  Litvintseva AP,  Chiller TM. Investigation of the first seven reported cases of Candida auris, a globally emerging invasive, multidrug-resistant fungus — United States, May 2013–August 2016. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2016; 65(44): 1234–1237 pmid: 27832049
99 Mohsin J, Hagen  F, Al-Balushi ZAM,  de Hoog GS,  Chowdhary A,  Meis JF,  Al-Hatmi AMS. The first cases of Candida auris candidaemia in Oman. Mycoses 2017; 60(9): 569–575 pmid: 28685887
100 Chowdhary A, Anil Kumar  V, Sharma C,  Prakash A,  Agarwal K,  Babu R, Dinesh  KR, Karim S,  Singh SK,  Hagen F,  Meis JF. Multidrug-resistant endemic clonal strain of Candida auris in India. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2014; 33(6): 919–926 pmid: 24357342
101 Wang FJ, Zhang  D, Liu ZH,  Wu WX, Bai  HH, Dong HY. Species distribution and in vitro antifungal susceptibility of vulvovaginal Candida isolates in China. Chin Med J (Engl) 2016; 129(10): 1161–1165 pmid: 27174323
102 Ding X, Yan  D, Sun W,  Zeng Z, Su  R, Su J. Epidemiology and risk factors for nosocomial non-Candida albicans candidemia in adult patients at a tertiary care hospital in North China. Med Mycol 2015; 53(7): 684–690 pmid: 26229153
103 Chen J, Jiang  Y, Wei B,  Ding Y, Xu  S, Qin P,  Fu J. Epidemiology of and risk factors for neonatal candidemia at a tertiary care hospital in western China. BMC Infect Dis 2016; 16(1): 700 pmid: 27884125
104 Pfaller MA, Castanheira  M, Messer SA,  Moet GJ,  Jones RN. Echinocandin and triazole antifungal susceptibility profiles for Candida spp., Cryptococcus neoformans, and Aspergillus fumigatus: application of new CLSI clinical breakpoints and epidemiologic cutoff values to characterize resistance in the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program (2009). Diagn Microbiol Infect Dis 2011; 69(1): 45–50 pmid: 21146713
105 Montagna MT, Lovero  G, Coretti C,  Martinelli D,  Delia M,  De Giglio O,  Caira M,  Puntillo F,  D’Antonio D,  Venditti M,  Sambri V,  Di Bernardo F,  Barbui A,  Lo Cascio G,  Concia E,  Mikulska M,  Viscoli C,  Maximova N,  Candoni A,  Oliveri S,  Lombardi G,  Pitzurra L,  Sanguinetti M,  Masciari R,  Santantonio T,  Andreoni S,  Barchiesi F,  Pecile P,  Farina C,  Viale P,  Specchia G,  Caggiano G,  Pagano L. SIMIFF study: Italian fungal registry of mold infections in hematological and non-hematological patients. Infection 2014; 42(1): 141–151 pmid: 24150958
106 Lin SJ, Schranz  J, Teutsch SM. Aspergillosis case-fatality rate: systematic review of the literature. Clin Infect Dis 2001; 32(3): 358–366 pmid: 11170942
107 Zhang S, Wang  S, Wan Z,  Li R, Yu  J. The diagnosis of invasive and noninvasive pulmonary aspergillosis by serum and bronchoalveolar lavage fluid galactomannan assay. Biomed Res Int  2015; 2015: 943691
108 Chen Y, Lu  ZY, Jin Y,  Han L, Huang  LY. Progress of research on azole resistance in Aspergillus fumigatus. Chin J Epidemiol (Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi) 2016; 37(12): 1687–1692 (in Chinese) 
109 He H, Ding  L, Li F,  Zhan Q. Clinical features of invasive bronchial-pulmonary aspergillosis in critically ill patients with chronic obstructive respiratory diseases: a prospective study. Crit Care 2011; 15(1): R5 pmid: 21211008
110 Chen J, Yang  Q, Huang J,  Li L. Clinical findings in 19 cases of invasive pulmonary aspergillosis with liver cirrhosis. Multidiscip Respir Med 2014; 9(1): 1 pmid: 24401649
111 Chen J, Yang  Q, Huang J,  Li L. Risk factors for invasive pulmonary aspergillosis and hospital mortality in acute-on-chronic liver failure patients: a retrospective-cohort study. Int J Med Sci 2013; 10(12): 1625–1631 pmid: 24151434
112 Meersseman W, Vandecasteele  SJ, Wilmer A,  Verbeken E,  Peetermans WE,  Van Wijngaerden E. Invasive aspergillosis in critically ill patients without malignancy. Am J Respir Crit Care Med 2004; 170(6): 621–625 pmid: 15229094
113 Yan X, Li  M, Jiang M,  Zou LQ, Luo  F, Jiang Y. Clinical characteristics of 45 patients with invasive pulmonary aspergillosis: retrospective analysis of 1711 lung cancer cases. Cancer 2009; 115(21): 5018–5025 pmid: 19637340
114 Taccone FS, Van den Abeele  AM, Bulpa P,  Misset B,  Meersseman W,  Cardoso T,  Paiva JA,  Blasco-Navalpotro M,  De Laere E,  Dimopoulos G,  Rello J,  Vogelaers D,  Blot SI; AspICU Study Investigators. Epidemiology of invasive aspergillosis in critically ill patients: clinical presentation, underlying conditions, and outcomes. Crit Care 2015; 19(1): 7 pmid: 25928694
115 Lockhart SR, Frade  JP, Etienne KA,  Pfaller MA,  Diekema DJ,  Balajee SA. Azole resistance in Aspergillus fumigatus isolates from the ARTEMIS global surveillance study is primarily due to the TR/L98H mutation in the cyp51A gene. Antimicrob Agents Chemother 2011; 55(9): 4465–4468 pmid: 21690285
116 Li Y, Wan  Z, Liu W,  Li R. Identification and susceptibility of Aspergillus section nigri in china: prevalence of species and paradoxical growth in response to echinocandins. J Clin Microbiol 2015; 53(2): 702–705 pmid: 25502526
117 Wang W, Zhao  CY, Zhou JY,  Wang YD,  Shen C, Zhou  DF, Yin HZ. Invasive pulmonary aspergillosis in patients with HBV-related liver failure. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2011; 30(5): 661–667 pmid: 21197619
118 Liu M, Zeng  R, Zhang L,  Li D, Lv  G, Shen Y,  Zheng H,  Zhang Q,  Zhao J, Zheng  N, Liu W. Multiple cyp51A-based mechanisms identified in azole-resistant isolates of Aspergillus fumigatus from China. Antimicrob Agents Chemother 2015; 59(7): 4321–4325 pmid: 25896700
119 Chen Y, Lu  Z, Zhao J,  Zou Z, Gong  Y, Qu F,  Bao Z, Qiu  G, Song M,  Zhang Q,  Liu L, Hu  M, Han X,  Tian S, Zhao  J, Chen F,  Zhang C,  Sun Y, Verweij  PE, Huang L,  Han L. Epidemiology and molecular characterizations of azole resistance in clinical and environmental Aspergillus fumigatus isolates from China. Antimicrob Agents Chemother 2016; 60(10): 5878–5884 pmid: 27431231
120 Chen J, Li  H, Li R,  Bu D, Wan  Z. Mutations in the cyp51A gene and susceptibility to itraconazole in Aspergillus fumigatus serially isolated from a patient with lung aspergilloma. J Antimicrob Chemother 2005; 55(1): 31–37 pmid: 15563516
121 Chen Y, Wang  H, Lu Z,  Li P, Zhang  Q, Jia T,  Zhao J, Tian  S, Han X,  Chen F, Zhang  C, Jia X,  Huang L,  Qu F, Han  L. Emergence of TR46/Y121F/T289A in an Aspergillus fumigatus isolate from a Chinese patient. Antimicrob Agents Chemother 2015; 59(11): 7148–7150 pmid: 26282417
122 Sloan DJ, Parris  V. Cryptococcal meningitis: epidemiology and therapeutic options. Clin Epidemiol 2014; 6: 169–182 pmid: 24872723
123 Gullo FP, Rossi  SA, Sardi JdeC,  Teodoro VL,  Mendes-Giannini MJ,  Fusco-Almeida AM. Cryptococcosis: epidemiology, fungal resistance, and new alternatives for treatment. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2013; 32(11): 1377–1391 pmid: 24141976
124 Cogliati M. Global molecular epidemiology of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii: an atlas of the molecular types. Scientifica (Cairo) 2013; 2013: 675213
125 Meyer W, Aanensen  DM, Boekhout T,  Cogliati M,  Diaz MR,  Esposto MC,  Fisher M,  Gilgado F,  Hagen F,  Kaocharoen S,  Litvintseva AP,  Mitchell TG,  Simwami SP,  Trilles L,  Viviani MA,  Kwon-Chung J. Consensus multi-locus sequence typing scheme for Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii. Med Mycol 2009; 47(6): 561–570 pmid: 19462334
126 Fan X, Xiao  M, Chen S,  Kong F, Dou  HT, Wang H,  Xiao YL,  Kang M, Sun  ZY, Hu ZD,  Wan Z, Chen  SL, Liao K,  Chu YZ, Hu  TS, Zou GL,  Hou X, Zhang  L, Zhao YP,  Xu YC, Liu  ZY. Predominance of Cryptococcus neoformans var. grubii multilocus sequence type 5 and emergence of isolates with non-wild-type minimum inhibitory concentrations to fluconazole: a multi-centre study in China. Clin Microbiol Infect 2016; 22(10): 887.e1–887.e9 pmid: 27432767
127 Dou HT, Xu  YC, Wang HZ,  Li TS. Molecular epidemiology of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii in China between 2007 and 2013 using multilocus sequence typing and the DiversiLab system. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2015; 34(4): 753–762 pmid: 25471194
128 Khayhan K, Hagen  F, Pan W,  Simwami S,  Fisher MC,  Wahyuningsih R,  Chakrabarti A,  Chowdhary A,  Ikeda R,  Taj-Aldeen SJ,  Khan Z, Ip  M, Imran D,  Sjam R, Sriburee  P, Liao W,  Chaicumpar K,  Vuddhakul V,  Meyer W,  Trilles L,  van Iersel LJ,  Meis JF,  Klaassen CH,  Boekhout T. Geographically structured populations of Cryptococcus neoformans variety grubii in Asia correlate with HIV status and show a clonal population structure. PLoS One 2013; 8(9): e72222 pmid: 24019866
129 Park SH, Kim  M, Joo SI,  Hwang SM. Molecular epidemiology of clinical Cryptococcus neoformans isolates in Seoul, Korea. Mycobiology 2014; 42(1): 73–78 pmid: 24808738
130 Mihara T, Izumikawa  K, Kakeya H,  Ngamskulrungroj P,  Umeyama T,  Takazono T,  Tashiro M,  Nakamura S,  Imamura Y,  Miyazaki T,  Ohno H, Yamamoto  Y, Yanagihara K,  Miyzaki Y,  Kohno S. Multilocus sequence typing of Cryptococcus neoformans in non-HIV associated cryptococcosis in Nagasaki, Japan. Med Mycol 2013; 51(3): 252–260 pmid: 22901045
131 Simwami SP, Khayhan  K, Henk DA,  Aanensen DM,  Boekhout T,  Hagen F,  Brouwer AE,  Harrison TS,  Donnelly CA,  Fisher MC. Low diversity Cryptococcus neoformans variety grubii multilocus sequence types from Thailand are consistent with an ancestral African origin. PLoS Pathog 2011; 7(4): e1001343 pmid: 21573144
132 Xue X, Wu  H, Wang K,  Cao J, Shen  D. Cryptococcosis by Cryptococcus gattii in China. Lancet Infect Dis 2015; 15(10): 1135–1136 pmid: 26461947
133 Kronstad JW, Attarian  R, Cadieux B,  Choi J, D’Souza  CA, Griffiths EJ,  Geddes JM,  Hu G, Jung  WH, Kretschmer M,  Saikia S,  Wang J. Expanding fungal pathogenesis: Cryptococcus breaks out of the opportunistic box. Nat Rev Microbiol 2011; 9(3): 193–203 pmid: 21326274
134 Feng X, Yao  Z, Ren D,  Liao W, Wu  J. Genotype and mating type analysis of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii isolates from China that mainly originated from non-HIV-infected patients. FEMS Yeast Res 2008; 8(6): 930–938 pmid: 18671745
135 Okamoto K, Hatakeyama  S, Itoyama S,  Nukui Y,  Yoshino Y,  Kitazawa T,  Yotsuyanagi H,  Ikeda R,  Sugita T,  Koike K. Cryptococcus gattii genotype VGIIa infection in man, Japan, 2007. Emerg Infect Dis 2010; 16(7): 1155–1157 pmid: 20587194
136 Yuchong C, Fubin  C, Jianghan C,  Fenglian W,  Nan X, Minghui  Y, Yalin S,  Zhizhong Z. Cryptococcosis in China (1985–2010): review of cases from Chinese database. Mycopathologia 2012; 173(5-6): 329–335 pmid: 21979866
137 Lui G, Lee  N, Ip M,  Choi KW,  Tso YK, Lam  E, Chau S,  Lai R, Cockram  CS. Cryptococcosis in apparently immunocompetent patients. QJM 2006; 99(3): 143–151 pmid: 16504989
138 Tseng HK, Liu  CP, Ho MW,  Lu PL, Lo  HJ, Lin YH,  Cho WL, Chen  YC; Taiwan Infectious Diseases Study Network for Cryptococcosis. Microbiological, epidemiological, and clinical characteristics and outcomes of patients with cryptococcosis in Taiwan, 1997–2010. PLoS One 2013; 8(4): e61921 pmid: 23613973
139 Chen J, Varma  A, Diaz MR,  Litvintseva AP,  Wollenberg KK,  Kwon-Chung KJ. Cryptococcus neoformans strains and infection in apparently immunocompetent patients, China. Emerg Infect Dis 2008; 14(5): 755–762 pmid: 18439357
140 Chen YY, Lai  CH. Nationwide population-based epidemiologic study of cryptococcal meningitis in Taiwan. Neuroepidemiology 2011; 36(2): 79–84 pmid: 21282964
141 Lu CH, Chang  WN, Chang HW,  Chuang YC. The prognostic factors of cryptococcal meningitis in HIV-negative patients. J Hosp Infect 1999; 42(4): 313–320 pmid: 10467545
142 Fang W, Fa  Z, Liao W. Epidemiology of Cryptococcus and cryptococcosis in China. Fungal Genet Biol 2015; 78: 7–15 pmid: 25445309
143 Dou H, Wang  H, Xie S,  Chen X, Xu  Z, Xu Y. Molecular characterization of Cryptococcus neoformans isolated from the environment in Beijing, China. Med Mycol 2017; 55(7):737–747
144 Li AS, Pan  WH, Wu SX,  Hideaki T,  Guo NR, Shen  YN, Lu GX,  Pan RG, Zhu  MC, Chen M,  Shi WM, Liao  WQ. Ecological surveys of the Cryptococcus species complex in China. Chin Med J (Engl) 2012; 125(3): 511–516
pmid: 22490412
145 Skiada A, Pagano  L, Groll A,  Zimmerli S,  Dupont B,  Lagrou K,  Lass-Florl C,  Bouza E,  Klimko N,  Gaustad P,  Richardson M,  Hamal P,  Akova M,  Meis JF,  Rodriguez-Tudela JL,  Roilides E,  Mitrousia-Ziouva A,  Petrikkos G; European Confederation of Medical Mycology Working Group on Zygomycosis. Zygomycosis in Europe: analysis of 230 cases accrued by the registry of the European Confederation of Medical Mycology (ECMM) Working Group on Zygomycosis between 2005 and 2007. Clin Microbiol Infect 2011; 17(12): 1859–1867 pmid: 21199154
146 Ribes JA, Vanover-Sams  CL, Baker DJ. Zygomycetes in human disease. Clin Microbiol Rev 2000; 13(2): 236–301 pmid: 10756000
147 Katragkou A, Walsh  TJ, Roilides E. Why is mucormycosis more difficult to cure than more common mycoses? Clin Microbiol Infect 2014; 20(Suppl 6): 74–81 pmid: 24279587
148 Rees JR, Pinner  RW, Hajjeh RA,  Brandt ME,  Reingold AL. The epidemiological features of invasive mycotic infections in the San Francisco Bay area, 1992–1993: results of population-based laboratory active surveillance. Clin Infect Dis 1998; 27(5): 1138–1147 pmid: 9827260
149 Torres-Narbona M, Guinea  J, Martínez-Alarcón  J, Muñoz P,  Gadea I,  Bouza E; MYCOMED Zygomycosis Study Group. Impact of zygomycosis on microbiology workload: a survey study in Spain. J Clin Microbiol 2007; 45(6): 2051–2053 pmid: 17392438
150 Bitar D, Van Cauteren  D, Lanternier F,  Dannaoui E,  Che D, Dromer  F, Desenclos JC,  Lortholary O. Increasing incidence of zygomycosis (mucormycosis), France, 1997–2006. Emerg Infect Dis 2009; 15(9): 1395–1401 pmid: 19788806
151 Zhao JY, Fang  W, Yang YL,  Pan WH, Liao  WQ, Tang YC. Retrospective analysis of diabetes combined with zygomycosis in mainland China: a review of 74 cases. Chin J Mycol (Zhongguo Zhen Jun Xue Za Zhi) 2016; 11(1): 33–36 (in Chinese)
152 Wang SB, Li  RY, Yu J. Epidemiology of zygomycosis in mainland China. Chin J Mycol (Zhongguo Zhen Jun Xue Za Zhi) 2013; 8(3): 163–168 (in Chinese)
153 Zhao JY, Wang  GZ, Zhang JY,  Yang YL,  Jia HL, Fang  W, Pan WH,  Liao WQ. Retrospective analysis of pulmonary zygomycosis in mainland China: a review of 102 cases. Chin J Mycol (Zhongguo Zhen Jun Xue Za Zhi) 2014; 9(3): 150–154 (in Chinese)
154 Roden MM, Zaoutis  TE, Buchanan WL,  Knudsen TA,  Sarkisova TA,  Schaufele RL,  Sein M, Sein  T, Chiou CC,  Chu JH, Kontoyiannis  DP, Walsh TJ. Epidemiology and outcome of zygomycosis: a review of 929 reported cases. Clin Infect Dis 2005; 41(5): 634–653 pmid: 16080086
155 Cornely OA, Arikan-Akdagli  S, Dannaoui E,  Groll AH,  Lagrou K,  Chakrabarti A,  Lanternier F,  Pagano L,  Skiada A,  Akova M,  Arendrup MC,  Boekhout T,  Chowdhary A,  Cuenca-Estrella M,  Freiberger T,  Guinea J,  Guarro J,  de Hoog S,  Hope W, Johnson  E, Kathuria S,  Lackner M,  Lass-Flörl C,  Lortholary O,  Meis JF,  Meletiadis J,  Muñoz P,  Richardson M,  Roilides E,  Tortorano AM,  Ullmann AJ,  van Diepeningen A,  Verweij P,  Petrikkos G; European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases Fungal Infection Study Group; European Confederation of Medical Mycology. ESCMID and ECMM joint clinical guidelines for the diagnosis and management of mucormycosis 2013. Clin Microbiol Infect 2014; 20(Suppl 3): 5–26 pmid: 24479848
156 Yang W, Lu  J, Weng J,  Jia W, Ji  L, Xiao J,  Shan Z, Liu  J, Tian H,  Ji Q, Zhu  D, Ge J,  Lin L, Chen  L, Guo X,  Zhao Z, Li  Q, Zhou Z,  Shan G, He  J; China National Diabetes and Metabolic Disorders Study Group. Prevalence of diabetes among men and women in China. N Engl J Med 2010; 362(12): 1090–1101 pmid: 20335585
157 Thomas CF Jr, Limper  AH. Pneumocystis pneumonia. N Engl J Med 2004; 350(24): 2487–2498 pmid: 15190141
158 Thomas CF Jr, Limper  AH. Current insights into the biology and pathogenesis of Pneumocystis pneumonia. Nat Rev Microbiol 2007; 5(4): 298–308 pmid: 17363968
159 Edman JC, Kovacs  JA, Masur H,  Santi DV,  Elwood HJ,  Sogin ML. Ribosomal RNA sequence shows Pneumocystis carinii to be a member of the fungi. Nature 1988; 334(6182): 519–522 pmid: 2970013
160 Stringer SL, Stringer  JR, Blase MA,  Walzer PD,  Cushion MT. Pneumocystis carinii: sequence from ribosomal RNA implies a close relationship with fungi. Exp Parasitol 1989; 68(4): 450–461 pmid: 2470612
161 Gigliotti F, Limper  AH, Wright T. Pneumocystis. Cold Spring Harb Perspect Med 2014; 4(12): a019828 pmid: 25367973
162 Lu JJ, Lee  CH. Pneumocystis pneumonia. J Formos Med Assoc 2008; 107(11): 830–842 pmid: 18971152
163 Catherinot E, Lanternier  F, Bougnoux ME,  Lecuit M,  Couderc LJ,  Lortholary O. Pneumocystis jirovecii pneumonia. Infect Dis Clin North Am 2010; 24(1): 107–138 pmid: 20171548
164 Kaplan JE, Hanson  D, Dworkin MS,  Frederick T,  Bertolli J,  Lindegren ML,  Holmberg S,  Jones JL. Epidemiology of human immunodeficiency virus-associated opportunistic infections in the United States in the era of highly active antiretroviral therapy. Clin Infect Dis 2000; 30(s1 Suppl 1): S5–S14 pmid: 10770911
165 Ruxrungtham K, Brown  T, Phanuphak P. HIV/AIDS in Asia. Lancet 2004; 364(9428): 69–82 pmid: 15234860
166 Beck JM, Cushion  MT. Pneumocystis workshop: 10th anniversary summary. Eukaryot Cell 2009; 8(4): 446–460 pmid: 19168751
167 Wang XL, Wang  XL, Wei W,  An CL. Retrospective study of Pneumocystis pneumonia over half a century in mainland China. J Med Microbiol 2011; 60(Pt 5): 631–638 pmid: 21273373
168 Liu Y, Su  L, Jiang SJ,  Qu H. Risk factors for mortality from Pneumocystis carinii pneumonia (PCP) in non-HIV patients: a meta-analysis. Oncotarget 2017; 8(35): 59729–59739
pmid: 28938676
169 Wang DD, Zheng  MQ, Zhang N,  An CL. Investigation of Pneumocystis jirovecii colonization in patients with chronic pulmonary diseases in the People’s Republic of China. Int J Chron Obstruct Pulmon Dis 2015; 10: 2079–2085
pmid: 26491278
170 Huang YS, Yang  JJ, Lee NY,  Chen GJ,  Ko WC, Sun  HY, Hung CC. Treatment of Pneumocystis jirovecii pneumonia in HIV-infected patients: a review. Expert Rev Anti Infect Ther 2017; 15(9): 873–892 pmid: 28782390
171 Guo F, Chen  Y, Yang SL,  Xia H, Li  XW, Tong ZH. Pneumocystis pneumonia in HIV-infected and immunocompromised non-HIV infected patients: a retrospective study of two centers in China. PLoS One 2014; 9(7): e101943 pmid: 25029342
172 Chen M, Tian  X, Qin F,  Zhou J, Liu  J, Wang M,  Xu KF. Pneumocystis pneumonia in patients with autoimmune diseases: a retrospective study focused on clinical characteristics and prognostic factors related to death. PLoS One 2015; 10(9): e0139144 pmid: 26422246
173 Lemiale V, Debrumetz  A, Delannoy A,  Alberti C,  Azoulay E. Adjunctive steroid in HIV-negative patients with severe Pneumocystis pneumonia. Respir Res 2013; 14(1): 87 pmid: 23981859
174 Asai N, Motojima  S, Ohkuni Y,  Matsunuma R,  Nakashima K,  Iwasaki T,  Nakashita T,  Otsuka Y,  Kaneko N. Early diagnosis and treatment are crucial for the survival of Pneumocystis pneumonia patients without human immunodeficiency virus infection. J Infect Chemother 2012; 18(6): 898–905 pmid: 22692598
175 Deng X, Zhuo  L, Lan Y,  Dai Z, Chen  WS, Cai W,  Kovacs JA,  Ma L, Tang  X. Mutational analysis of Pneumocystis jirovecii dihydropteroate synthase and dihydrofolate reductase genes in HIV-infected patients in China. J Clin Microbiol 2014; 52(11): 4017–4019 pmid: 25122865
176 Takahashi T, Endo  T, Nakamura T,  Sakashitat H,  Kimurat K,  Ohnishit K,  Kitamura Y,  Iwamoto A. Dihydrofolate reductase gene polymorphisms in Pneumocystis carinii f. sp. hominis in Japan. J Med Microbiol 2002; 51(6): 510–515 pmid: 12018659
177 Siripattanapipong S,  Leelayoova S,  Mungthin M,  Worapong J,  Tan-Ariya P. Study of DHPS and DHFR genes of Pneumocystis jirovecii in Thai HIV-infected patients. Med Mycol 2008; 46(4): 389–392 pmid: 18415849
178 Robberts FJ, Chalkley  LJ, Weyer K,  Goussard P,  Liebowitz LD. Dihydropteroate synthase and novel dihydrofolate reductase gene mutations in strains of Pneumocystis jirovecii from South Africa. J Clin Microbiol 2005; 43(3): 1443–1444 pmid: 15750128
179 Kazanjian PH, Fisk  D, Armstrong W,  Shulin Q,  Liwei H,  Ke Z, Meshnick  S. Increase in prevalence of Pneumocystis carinii mutations in patients with AIDS and P. carinii pneumonia, in the United States and China. J Infect Dis 2004; 189(9): 1684–1687 pmid: 15116306
180 Zhang Y, Hagen  F, Wan Z,  Liu Y, Liu  Y, Wang Q,  de Hoog GS,  Li R, Zhang  J. Two cases of sporotrichosis of the right upper extremity in right-handed patients with diabetes mellitus. Rev Iberoam Micol 2016; 33(1): 38–42 pmid: 25982353
181 Zhang Y, Hagen  F, Stielow B,  Rodrigues AM,  Samerpitak K,  Zhou X, Feng  P, Yang L,  Chen M, Deng  S, Li S,  Liao W, Li  R, Li F,  Meis JF,  Guarro J,  Teixeira M,  Al-Zahrani HS,  Pires de Camargo Z,  Zhang L,  de Hoog GS. Phylogeography and evolutionary patterns in Sporothrix spanning more than 14 000 human and animal case reports. Persoonia 2015; 35(1): 1–20 pmid: 26823625
182 Chen YC. Sporotrichosis. Chin J Mycol (Zhongguo Zhen Jun Xue Za Zhi) 2008; 3(4): 233–241 (in Chinese)
183 Liu TT, Zhang  K, Zhou X. Molecular identification of Sporothrix clinical isolates in China. J Zhejiang Univ Sci B 2014; 15(1): 100–108 pmid: 24390750
184 Yu X, Wan  Z, Zhang Z,  Li F, Li  R, Liu X. Phenotypic and molecular identification of Sporothrix isolates of clinical origin in Northeast China. Mycopathologia 2013; 176(1-2): 67–74 pmid: 23771481
185 Zhao MD, Zhou  X, Liu TT,  Yang ZB. Morphological and physiological comparison of taxa comprising the Sporothrix schenckii complex. J Zhejiang Univ Sci B 2015; 16(11): 940–947 pmid: 26537212
186 Marimon R, Cano  J, Gené J,  Sutton DA,  Kawasaki M,  Guarro J. Sporothrix brasiliensis, S. globosa, and S. mexicana, three new Sporothrix species of clinical interest. J Clin Microbiol 2007; 45(10): 3198–3206 pmid: 17687013
187 Mahajan VK. Sporotrichosis: an overview and therapeutic options. Dermatol Res Pract 2014; 2014: 272376
188 Pappas PG, Tellez  I, Deep AE,  Nolasco D,  Holgado W,  Bustamante B. Sporotrichosis in Peru: description of an area of hyperendemicity. Clin Infect Dis 2000; 30(1): 65–70 pmid: 10619735
189 Sirisanthana T, Supparatpinyo  K. Epidemiology and management of penicilliosis in human immunodeficiency virus-infected patients. Int J Infect Dis 1998; 3(1): 48–53 pmid: 9831676
190 Li HR, Cai  SX, Chen YS,  Yu ME, Xu  NL, Xie BS,  Lin M, Hu  XL. Comparison of Talaromyces marneffei infection in human immunodeficiency virus-positive and human immunodeficiency virus-negative patients from Fujian, China. Chin Med J (Engl) 2016; 129(9): 1059–1065 pmid: 27098791
191 Zheng J, Gui  X, Cao Q,  Yang R, Yan  Y, Deng L,  Lio J. A clinical study of acquired immunodeficiency syndrome associated Penicillium marneffei infection from a non-endemic area in China. PLoS One 2015; 10(6): e0130376 pmid: 26083736
192 Capponi M, Segretain  G, Sureau P. Penicillosis from Rhizomys sinensis.  Bull Soc Pathol Exot 1956; 49(3): 418–421
193 DiSalvo AF, Fickling  AM, Ajello L. Infection caused by Penicillium marneffei: description of first natural infection in man. Am J Clin Pathol 1973; 60(2): 259–263 pmid: 4720403
194 Deng ZL. Progressive disseminated penicilliosis caused by Penicillium marneffei .J Guangxi Med Col (Gangxi Yi Xue Yuan Xue Bao) 1984; 1(1): 1–4 (in Chinese)
195 Chan JF, Lau  SK, Yuen KY,  Woo PC. Talaromyces (Penicilliummarneffei infection in non-HIV-infected patients. Emerg Microbes Infect 2016; 5(3): e19 pmid: 26956447
196 Hu Y, Zhang  J, Li X,  Yang Y, Zhang  Y, Ma J,  Xi L. Penicillium marneffei infection: an emerging disease in mainland China. Mycopathologia 2013; 175(1-2): 57–67 pmid: 22983901
197 Cao C, Liang  L, Wang W,  Luo H, Huang  S, Liu D,  Xu J, Henk  DA, Fisher MC. Common reservoirs for Penicillium marneffei infection in humans and rodents, China. Emerg Infect Dis 2011; 17(2): 209–214 pmid: 21291590
198 Huang X, He  G, Lu S,  Liang Y,  Xi L. Role of Rhizomys pruinosus as a natural animal host of Penicillium marneffei in Guangdong, China. Microb Biotechnol 2015; 8(4): 659–664 pmid: 25824250
199 Gugnani H, Fisher  MC, Paliwal-Johsi A,  Vanittanakom N,  Singh I,  Yadav PS. Role of Cannomys badius as a natural animal host of Penicillium marneffei in India. J Clin Microbiol 2004; 42(11): 5070–5075 pmid: 15528698
200 Fisher MC, Hanage  WP, de Hoog S,  Johnson E,  Smith MD,  White NJ,  Vanittanakom N. Low effective dispersal of asexual genotypes in heterogeneous landscapes by the endemic pathogen Penicillium marneffei. PLoS Pathog 2005; 1(2): e20 pmid: 16254598
201 Kauffman CA. Histoplasmosis: a clinical and laboratory update. Clin Microbiol Rev 2007; 20(1): 115–132 pmid: 17223625
202 Wang Y, Pan  B, Wu J,  Bi X, Liao  W, Pan W,  Gu J. Detection and phylogenetic characterization of a case of Histoplasma capsulatum infection in mainland China. Am J Trop Med Hyg 2014; 90(6): 1180–1183 pmid: 24686744
203 Ge L, Zhou  C, Song Z,  Zhang Y,  Wang L, Zhong  B, Hao F. Primary localized histoplasmosis with lesions restricted to the mouth in a Chinese HIV-negative patient. Int J Infect Dis 2010; 14(Suppl 3): e325–e328 pmid: 20591715
204 Pan B, Chen  M, Pan W,  Liao W. Histoplasmosis: a new endemic fungal infection in China? Review and analysis of cases. Mycoses 2013; 56(3): 212–221 pmid: 23216676
205 Stevens DA. Coccidioidomycosis. N Engl J Med 1995; 332(16): 1077–1082 pmid: 7898527
206 Wang XL, Wang  S, An CL. Mini-review of published reports on coccidioidomycosis in China. Mycopathologia 2015; 180(5-6): 299–303 pmid: 26354712
207 Xi L, Fukushima  K, Lu C,  Takizawa K,  Liao R, Nishimura  K. First case of Arthrographis kalrae ethmoid sinusitis and ophthalmitis in the People’s Republic of China. J Clin Microbiol 2004; 42(10): 4828–4831 pmid: 15472353
208 Zhang QQ, Zhu  LP, Weng XH,  Li L, Wang  JJ. Meningitis due to Prototheca wickerhamii: rare case in China. Med Mycol 2007; 45(1): 85–88 pmid: 17325949
209 Li DM, Li  RY, de Hoog GS,  Sudhadham M,  Wang DL. Fatal Exophiala infections in China, with a report of seven cases. Mycoses 2011; 54(4): e136–e142 pmid: 20337943
210 Li DM, Chen  XR. A new superficial fungal infection caused by Coniosporium epidermidis. J Am Acad Dermatol 2010; 63(4): 725–727 pmid: 20846578
211 Pan W, Liao  W, Hagen F,  Theelen B,  Shi W, Meis  JF, Boekhout T. Meningitis caused by Filobasidium uniguttulatum: case report and overview of the literature. Mycoses 2012; 55(2): 105–109
pmid: 21729175
212 Wu Y, Wang  J, Li W,  Jia H, Che  J, Lu J,  Liu L, Cheng  Y. Pichia fabianii blood infection in a premature infant in China: case report. BMC Res Notes 2013; 6(1): 77 pmid: 23510524
213 Fu M, Ge  Y, Chen W,  Feng S, She  X, Li X,  Liu W. Tinea faciei in a newborn due to Trichophyton tonsurans. J Biomed Res 2013; 27(1): 71–74
pmid: 23554797
214 Chen M, Houbraken  J, Pan W,  Zhang C,  Peng H, Wu  L, Xu D,  Xiao Y, Wang  Z, Liao W. Pulmonary fungus ball caused by Penicillium capsulatum in a patient with type 2 diabetes: a case report. BMC Infect Dis 2013; 13(1): 496 pmid: 24152579
215 Cai Q, Lv  GX, Jiang YQ,  Mei H, Hu  SQ, Xu HB,  Wu XF, Shen  YN, Liu WD. The first case of phaeohyphomycosis caused by Rhinocladiella basitona in an immunocompetent child in China. Mycopathologia 2013; 176(1-2): 101–105 pmid: 23591621
216 Zou Y, Bi  Y, Bu H,  He Y, Guo  L, Shi D. Infective meningitis caused by Phialemonium curvatum. J Clin Microbiol 2014; 52(8): 3111–3113 pmid: 24850352
217 Zhu CY, Yang  YP, Sheng P,  Li W, Huang  WM, Fan YM. Cutaneous chromoblastomycosis caused by Veronaea botryosa in a patient with pemphigus vulgaris and review of published reports. Mycopathologia 2015; 180(1-2): 123–129 pmid: 25821930
218 Wang L, Al-Hatmi  AM, Lai X,  Peng L, Yang  C, Lai H,  Li J, Meis  JF, de Hoog GS,  Zhuo C, Chen  M. Bipolaris oryzae, a novel fungal opportunist causing keratitis. Diagn Microbiol Infect Dis 2016; 85(1): 61–65 pmid: 26976720
219 Mijiti J, Pan  B, de Hoog S,  Horie Y,  Matsuzawa T,  Yilifan Y,  Liu Y, Abliz  P, Pan W,  Deng D, Guo  Y, Zhang P,  Liao W, Deng  S. Severe chromoblastomycosis-like cutaneous infection caused by Chrysosporium keratinophilum. Front Microbiol 2017; 8: 83 pmid: 28179902
[1] Solmaz Ohadian Moghadam, Seyed Ali Momeni. Human microbiome and prostate cancer development: current insights into the prevention and treatment[J]. Front. Med., 2021, 15(1): 11-32.
[2] Min Zhou, Xinxin Zhang, Jieming Qu. Coronavirus disease 2019 (COVID-19): a clinical update[J]. Front. Med., 2020, 14(2): 126-135.
[3] Ruijie Chang, Huwen Wang, Shuxian Zhang, Zezhou Wang, Yinqiao Dong, Lhakpa Tsamlag, Xiaoyue Yu, Chen Xu, Yuelin Yu, Rusi Long, Ning-Ning Liu, Qiao Chu, Ying Wang, Gang Xu, Tian Shen, Suping Wang, Xiaobei Deng, Jinyan Huang, Xinxin Zhang, Hui Wang, Yong Cai. Phase- and epidemic region-adjusted estimation of the number of coronavirus disease 2019 cases in China[J]. Front. Med., 2020, 14(2): 199-209.
[4] Wei Liu, Jing Wang, Wenbin Li, Zhaoxian Zhou, Siying Liu, Zhihui Rong. Clinical characteristics of 19 neonates born to mothers with COVID-19[J]. Front. Med., 2020, 14(2): 193-198.
[5] Honglu Zhou, Songmei Wang, Lorenz von Seidlein, Xuanyi Wang. The epidemiology of norovirus gastroenteritis in China: disease burden and distribution of genotypes[J]. Front. Med., 2020, 14(1): 1-7.
[6] Xiaoxin Wu, Lanlan Xiao, Lanjuan Li. Research progress on human infection with avian influenza H7N9[J]. Front. Med., 2020, 14(1): 8-20.
[7] Meng Lv, Yingjun Chang, Xiaojun Huang. Everyone has a donor: contribution of the Chinese experience to global practice of haploidentical hematopoietic stem cell transplantation[J]. Front. Med., 2019, 13(1): 45-56.
[8] Eun Young Lee, Kun-Ho Yoon. Epidemic obesity in children and adolescents: risk factors and prevention[J]. Front. Med., 2018, 12(6): 658-666.
[9] Xuefu Wang, Zhigang Tian. γδ T cells in liver diseases[J]. Front. Med., 2018, 12(3): 262-268.
[10] Shasha Zhu, Huimin Zhang, Li Bai. NKT cells in liver diseases[J]. Front. Med., 2018, 12(3): 249-261.
[11] Chongguang Yang, Qian Gao. Recent transmission of Mycobacterium tuberculosis in China: the implication of molecular epidemiology for tuberculosis control[J]. Front. Med., 2018, 12(1): 76-83.
[12] Jikai Liu, Li Bai, Weiwei Li, Haihong Han, Ping Fu, Xiaochen Ma, Zhenwang Bi, Xiaorong Yang, Xiuli Zhang, Shiqi Zhen, Xiaoling Deng, Xiumei Liu, Yunchang Guo. Trends of foodborne diseases in China: lessons from laboratory-based surveillance since 2011[J]. Front. Med., 2018, 12(1): 48-57.
[13] Biao Kan, Haijian Zhou, Pengcheng Du, Wen Zhang, Xin Lu, Tian Qin, Jianguo Xu. Transforming bacterial disease surveillance and investigation using whole-genome sequence to probe the trace[J]. Front. Med., 2018, 12(1): 23-33.
[14] Shuye Zhang, Fusheng Wang, Zheng Zhang. Current advances in the elimination of hepatitis B in China by 2030[J]. Front. Med., 2017, 11(4): 490-501.
[15] Yang Gao, Wen Tian, Xiaoxu Han, Feng Gao. Immunological and virological characteristics of human immunodeficiency virus type 1 superinfection: implications in vaccine design[J]. Front. Med., 2017, 11(4): 480-489.
Full text